2006 yılından bu yana eğitim veren Arkeoloji Anabilim Dalı Doktora Programı, özellikle Klasik Arkeoloji alanında uzmanlaşmış bir kadro ile yürütülmektedir. Programın temel amacı, Kilikia Arkeolojisi başta olmak üzere, öğrencilere bağımsız araştırma yapma, bilimsel verileri derinlemesine irdeleyip yorumlama ve bilime yenilik getiren, yeni bir yöntem geliştiren veya bilinen bir yöntemi yeni bir alana uygulayan tezler hazırlama yetkinliği kazandırmaktır. Programa kabul, yüksek lisans veya lisans derecesi ile mümkündür. Her iki başvuru türü için de ALES, yabancı dil yeterliliği ve mülakat başarısı aranmakta olup, lisans derecesi ile başvuracak adaylardan daha yüksek ALES puanı (en az 90) ve not ortalaması (en az 85/100) beklenmektedir. Mezuniyet koşulları, yüksek lisans derecesiyle başlayanlar için en az 21 kredi (120 AKTS), lisans derecesiyle başlayanlar için ise en az 42 kredi (150 AKTS) ders ve seminerin yanı sıra doktora yeterlik sınavı ve başarılı bir tez savunmasını (120-150 AKTS) kapsamaktadır. Mezunlar "Arkeoloji" alanında doktora diploması alarak, Kültür Bakanlığı'nda müze uzmanı (KPSS ile) veya üniversitelerde akademisyen olarak istihdam edilebilirler. Bölüm; kütüphane, laboratuvar ve öğretim üyelerinin yürüttüğü kazı/yüzey araştırmalarına katılım imkanları ile programı desteklemektedir.