Arkeoloji Anabilim Dalı, lisansüstü eğitim faaliyetlerine 2002 yılında Yüksek Lisans ve 2006 yılında Doktora programlarını açarak başlamıştır. Özellikle Klasik Arkeoloji alanında uzmanlaşmış güçlü bir akademik kadroya sahip olan Anabilim Dalı'nın temel misyonu, Kilikia Bölgesi Arkeolojisi başta olmak üzere, alana bilimsel katkı sağlayacak uzmanlar yetiştirmektir.

Anabilim Dalı, Yüksek Lisans ve Doktora programları aracılığıyla öğrencilerine bağımsız bilimsel araştırma yapma, bilgiye erişme, veriyi değerlendirme ve yorumlama yetkinlikleri kazandırmayı hedefler. Öğrenciler, bölüm bünyesindeki kütüphane, laboratuvar olanaklarının yanı sıra öğretim üyelerinin aktif olarak yürüttüğü kazı ve yüzey araştırmalarına katılarak teorik bilgilerini pratikle birleştirme şansı bulurlar. Mezunlar, Kültür Bakanlığı'na bağlı müzelerde, üniversitelerde akademisyen olarak veya turizm sektöründe istihdam edilmektedirler.