Avrupa’da, Avrupa Yüksek Öğretim Alanı’nın (EHEA) oluşturulması amacıyla, Bologna Süreci adı altında başlatılan çalışmalara Türkiye’nin de dahil olmasıyla, Mersin Üniversitesi’nde Avrupa Kredi Transfer Sistemi (AKTS), Diploma Eki (DE) Etiketi ve uluslararası hareketlilik çalışmaları başlatılmıştır.  2010 yılında Bologna Eşgüdüm Komisyonu’nun kurulmasının ardından başlatılan Avrupa Kredi Transfer Sistemi (AKTS) ve Diploma Eki (DE) çalışmaları sonucunda Üniversitemiz AKTS (ECTS) ve DE (DS) etiketlerini 2012-2015 yılları için almaya hak kazanan Üniversiteler arasında yerini almıştır.

 Üniversitemiz üst yönetiminin öncelikli hedefleri arasında yer alan, eğitimin kalitesini yükseltme hedefini gerçekleştirebilmek üzere başlatılan akreditasyon çalışmaları sonucunda Tıp Fakültesi’nin mezuniyet öncesi tıp eğitimi programı, Mühendislik Fakültesi bünyesinde ki Çevre Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Gıda Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Makine Mühendisliği ve Kimya Mühendisliği programları,   Eczacılık Fakültesi eczacılı eğitimi ve İletişim Fakültesi Radyo, televizyon ve Sinema Programı ilgili akreditasyon kuruluşları tarafından akredite edilmişlerdir.

İleri Teknoloji Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi (MEİTAM) Deney ve Kalibrasyon Laboratuvarları “Türk Akreditasyon Kurumu” (TÜRKAK) tarafından TS EN ISO/IEC 17025 Deney ve Kalibrasyon Laboratuvarlarının Yeterliliği standardına göre belge ekinde yer alan kapsam dahilinde akredite edilmiştir.  

KYK tarafından “Mükemmellik Aşamaları Yetkinlik Belgelendirmesi” ne yönelik yapılan çalışmalar nedeniyle, Ekim 2013–Ekim 2015 tarihleri arasında geçerli olmak üzere Mersin Üniversitesi “European Foundation for Quality Management (EFQM) Mükemmellikte Yetkinlik 4 Yıldız Belgesi” ne layık görülmüştür.

Mersin Üniversitesi, engelli öğrenciler ve engelli bireyler için hazırlanan “Fiziksel Erişilebilirlik Haritası” ve akademik erişilebilirliğe yönelik yürütülen “Sesli Ders Kitabı” projesi ile Türkiye Engelsiz Bilişim Platformu tarafından “Engelsiz Eğitim” dalında ödüle değer bulunmuştur.  Her iki proje de ülkemizdeki üniversiteler arasında gerçekleştirilen ilk uygulama olması bakımından önemlidir.  Engelsiz yerleşke kapsamında yapılan düzenleme ve iyileştirme çalışmaları sonucu Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığı da 03.12.2011 tarihinde Mersin Üniversitesi’ni “Ulaşılabilirlik-Kalite Teşvik Ödülü’’ ne layık görmüştür. Yükseköğretim Kurulu tarafından 2019 yılı Engelsiz Üniversite Ödül töreninde ise 9 birim için Mekânda Erişim (Turuncu Bayrak), 7 birim Sosyo-Kültürel Faaliyetlere Erişim (Mavi Bayrak) ve 4 birimde ise Eğitimde Erişim (Yeşil Bayrak) olmak üzere toplamda 20 ödüle layık görülmüştür.

Üniversitemizin eğitim-öğretim, bilimsel araştırma, idari hizmet ve topluma katkı alanlarında kalite güvence süreçlerinin geliştirilmesine ilişkin tüm çalışmalar, Mersin Üniversitesi Kalite Güvencesi Yönergesi ile oluşturulan Kalite Üst Kurulu, Kalite Komisyonu, Kalite Yönetimi Koordinatörlüğü ve Bologna Eşgüdüm Komisyonu işbirliğinde planlanmakta ve yürütülmektedir.