11 Temmuz 1992 tarihli 21281 sayılı Resmi Gazetede yayınlanan TBMM'nin 3 Temmuz 1992 tarihinde kabul ettiği 3837 sayılı Kanun ile kurulan Mersin Üniversitesi’nin kuruluş yasasında yer alan Fen Bilimleri Enstitüsü ise 1993-1994 eğitim-öğretim yılından itibaren lisansüstü çalışmalarına başlamıştır. İlk eğitim, öğretim ve sınav yönetmeliği 23 Eylül 1993 tarihli 21707 sayılı Resmi Gazetede ilan edilmiş ve yürürlüğe girmiştir. Enstitü bünyesinde 22 anabilim dalında; 21 tezli yüksek lisans programı, 3 ikinci öğretim tezsiz yüksek lisans programı ve 16 doktora programı yürütülmektedir. Programların kuruluş yılları aşağıdaki tabloda yer almaktadır. Kuruluşundan bu yana enstitümüz müdürlüğünü 10 farklı öğretim üyemiz yürütmüştür. Müdürlerimizin isimleri kronolojik sırayla aşağıda verilmiştir.