Mersin Üniversitesi işletme tezli yüksek lisans programı 2003-2004 eğitim-öğretim yılında ilk öğrencilerini almaya başlamıştır. Programın amacı, öğrencilere teorik ve uygulamalı araştırmalar için akademik bilgi ve yetenek kazandırmak, alanındaki kavram ve kuramlara hakim, bilimsel çalışmalar üretebilecek araştırmacılar yetiştirmek, gerek özel sektörde gerek kamu sektöründe çalışabilecek nitelikli elemanlar ve yöneticiler hazırlamaktır. Programdan mezun olan öğrenciler, küreselleşmenin ve rekabetin arttığı iş dünyasında etkin bir iletişim kurmak ve bu ortamda rol almak için gerekli olan becerilere sahip olacaklardır. Programı başarılı bir şekilde bitirebilmek için öğrencilerin anabilim dalının ya da ilişkili olan diğer ana bilim dallarının lisansüstü programlarında mevcut olan derslerden en az 30 kredilik (90 AKTS) ders ve 1 dönem projesi almaları başarılı olmaları gerekmektedir. Yeterlilik koşullarını başarı ile yerine getiren öğrencilere işletme alanında yüksek lisans diploması verilir.