Bu program, 2003-2004 yılından bu yana, Sosyal Bilimler Enstitüsü ve İktisat Ana Bilim Dalı bünyesinde öğrenci yetiştirmektedir. Yüksek Lisans Programında, alanında uzman ve deneyimli akademik kadrosu ile iktisadi konuları hem teorik ve hem de analitik çerçeveden analiz edebilecek ekonomi uzmanlarının yetiştirilmesi amaçlanmaktadır. Bu program, aynı zamanda akademik kariyerlerine bu alanda doktora eğitimi alarak veya bu disiplin ve disiplinler arası alanlarda da daha fazla araştırma odaklı çalışmalar yapmak isteyen öğrencilere temel oluşturmak üzere tasarlanmıştır. Programı başarı ile tamamlayan öğrenciler, uzmanlaştıkları iktisat alanlarında güçlü bir bilgi birikimine sahip olarak kamu ya da özel sektörde çalışabilecek ya da akademisyen olarak araştırmalarına devam edebileceklerdir. Programda güncel ekonomik konularına ilişkin dersler de bulunduğu için öğrenciler dünya ekonomisi ve güncel ekonomik sorunlar hakkında da donanımlı hale gelmektedir. Programın süresi 2 yıl olup, dili Türkçedir. Bir senelik ders alma ve seminer hazırlama sürecinin ardından öğrenciler istedikleri bir alanda, seçecekleri tez danışmanları ile tezlerini hazırlayacaklardır. Yüksek lisans programına kabul edilen öğrenci zorunlu ve seçmeli derslere ek olarak seminer dersini ve yüksek lisans tezini hazırlayarak tez savunma sınavını başarıyla geçmek zorundadır. Yüksek Lisans programına başvurmak isteyen adayların:
1) İlgili alanlarda lisans diplomasına sahip olmaları.
2) Akademik Personel ve Lisansüstü Eğitim Giriş Sınavı (ALES)’nın ilgili alanından geçerli puanı almış olmaları.
3) Anabilim dalı tarafından yapılan sınavdan başarılı olmaları gerekir.